Emanuel Čuber izabran je za rektora 1894/95 godine i obavljao je tu funkciju do 1899. kada mu je u 48 godini života dodeljeno zvanje Hofrat. Godine 1919. morao je iz zdravstvenih razloga da uzme odmor, a to je značilo da neće držati predavanja sve do odlaska u penziju.
Čuber je napisao mnogo naučnih radova. Oblast naučnog interesovanja bila mu je široka: od čiste matematike i geometrije pa do njihovih primena. Ono što je obeležilo većinu njegovih dela je genijalan način upotrebe teorijskih rezultata za potrebe prakse. Naročitu nakolonost Čuber je imao za one oblasti primenjene matematike koje se odnose na teoriju slučajnosti. Ovo interesovanje seže u vreme kada je bio asistent geodezoije i intenzivno se bavio greškama posmatranja i zadacima ispravljanja ovih grešaka. Za vreme profesure u Pragu objavio je nekoliko radova iz geodezije i nosio se mišlju da se potpuno posveti ovoj naučnoj oblasti. Kasnije se ipak okrenuo naučnim oblastima u kojima terija verovatnoće nalazi mnogostrane praktične primene. Svojim naučnim radovima, ali i sintetičkim prikazima novih oblasti proračunavanja slučajnosti, postavio je nove standarde za to vreme. Tokom boravka u Breneru napisao je delo ''Teorija greške posmatranja'' (1891). U Beču je ovaj rad razvio do svog naučnog vrhunca. Suštinski je uticao na izveštaj za Nemačko matematičko društvo o razvoju teorije slučajnosti i primenama (1899). Objavio je i sveobuhvatno delo ''Proračuni slučajnosti i primene''.